Gemeinsam mit dem Verein "Aktionsgemeinschaft Fledermausschutz Baden-Württemberg" entstand auf dem Gelände des Vogelschutzzentrums ein Kooperationsprojekt, welches sich um den Schutz und den Erhalt heimischer Fledermäuse kümmert. Gemeinsam mit Schülern und Jugendlichen werden die Fledermäuse in der Region erforscht, betreut und geschützt. Verletzte Fledermäuse dienen als Anschauungsobjekt für schulischen und außerschulischen Anschauungsunterricht. Darüber hinaus bietet das Kooperationsprojekt Vorträge, Führungen und Fortbildungsveranstaltungen an.